肝区疼痛可能由多种原因引起，比如肝脏本身的病变，像约1/3的肝炎患者会出现肝区隐痛等症状；也可能是胆道系统疾病等。一般来说，肝区疼痛的常见原因有以下几类：
肝脏疾病相关
病毒性肝炎： 由乙肝病毒、丙肝病毒等引起的病毒性肝炎，炎症会刺激肝脏包膜，导致肝区疼痛。例如慢性乙肝患者中，有相当一部分人会感觉肝区不适。乙肝病毒感染后，病毒在肝细胞内复制，引发免疫反应损伤肝细胞，从而可能出现肝区疼痛等表现。肝脓肿： 细菌等病原体感染肝脏形成脓肿，脓肿会刺激周围组织，引起肝区疼痛。肝脓肿患者除了肝区疼痛外，往往还伴有发热，体温可高达39℃以上，同时可能有乏力、食欲减退等全身症状。
胆道系统疾病相关
胆囊炎： 胆囊发生炎症时，炎症刺激可导致右上腹肝区附近疼痛。急性胆囊炎发作时，疼痛多在进食油腻食物后诱发，疼痛可向右肩部放射，还可能伴有恶心、呕吐等症状。慢性胆囊炎患者则可能间断出现肝区隐痛，进食不当后加重。胆结石： 胆囊或胆管内长有结石，结石移动可能刺激胆道，引起肝区疼痛。胆管结石堵塞胆管时，还可能出现黄疸，表现为皮肤、巩膜发黄，小便颜色加深等。
其他相关原因
肋间神经痛： 肋间神经受到刺激时，也可能导致类似肝区疼痛的感觉。这种疼痛往往是刺痛或灼痛，疼痛部位比较固定，沿神经走行分布。比如胸椎病变可能压迫肋间神经，引发这种疼痛。邻近器官病变牵涉痛： 比如右膈下脓肿，因为膈下与肝脏相邻，膈下脓肿的炎症刺激可引起肝区牵涉痛，患者除了肝区疼痛外，可能有膈下感染相关的表现，像右侧胸部下方有不适感等。