尿道下裂是一种较为常见的男性尿道畸形，其发生原因目前尚未完全明确，但可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约10%的尿道下裂患儿存在家族遗传倾向。
遗传因素相关
基因遗传方面： 某些特定的基因变异可能与尿道下裂的发生相关。比如，有研究发现一些参与尿道发育相关通路的基因发生突变时，就可能增加患尿道下裂的风险。目前已经发现了多个与尿道下裂发病相关的候选基因，它们在胚胎发育过程中对尿道的形成起着关键调控作用，如果这些基因出现异常，就可能导致尿道下裂的发生。家族聚集现象： 如果家族中有亲属患有尿道下裂，那么其他男性成员患尿道下裂的概率会比普通人群高。例如，父亲患有尿道下裂，其儿子患尿道下裂的风险大约比正常人群高2 - 3倍左右。这表明遗传因素在尿道下裂的发病中占据重要地位。
胚胎发育过程异常
孕期激素水平影响： 在胚胎发育的关键时期，即怀孕后的前8周左右，母体的激素水平对胎儿外生殖器的发育至关重要。如果孕妇在孕期受到某些因素影响，导致体内雄激素水平不足或者雄激素作用异常，就可能干扰胎儿尿道的正常发育，从而引发尿道下裂。比如，孕妇在孕期接触了某些可能影响激素水平的环境污染物等，就可能增加胎儿患尿道下裂的风险。胚胎期尿道沟融合障碍： 在胚胎发育过程中，尿道沟需要逐渐融合形成完整的尿道。如果在这个融合过程中出现障碍，就会导致尿道下裂的发生。这种融合障碍可能是由于胚胎发育过程中相关的组织分化异常等原因引起的。例如，参与尿道沟融合的细胞分化出现问题，就会使得尿道沟无法正常融合，最终形成尿道下裂。
环境因素影响
孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能对胎儿尿道发育产生影响。比如，孕妇在不知情的情况下服用了一些可能干扰胚胎发育的药物，像某些抗癫痫药物等，就可能增加胎儿患尿道下裂的风险。不过，具体的药物种类和影响机制还在进一步的研究中，但已经有一些研究发现了某些药物与尿道下裂发病之间存在潜在关联。环境污染因素： 孕期暴露在污染的环境中也可能是尿道下裂发生的一个因素。例如，孕妇接触了含有农药、重金属等污染物的环境，这些污染物可能通过影响胚胎的正常发育过程，导致尿道下裂的发生。目前已经有一些流行病学调查发现，生活在污染较严重地区的孕妇所生婴儿患尿道下裂的概率相对较高。