肠易激综合征的用药需根据不同症状来选择。一般来说，对于腹痛的患者，常用的药物有匹维溴铵等，它可以调节胃肠道动力。而对于腹泻的情况，常用洛哌丁胺，不过要注意2岁以下儿童不建议使用洛哌丁胺。
针对腹痛的药物
解痉止痛药物： 匹维溴铵是常用的解痉药，它能选择性作用于胃肠道的平滑肌，调节胃肠道动力，缓解肠易激综合征引起的腹痛症状，它不影响胃酸分泌等功能。不过，孕妇要慎用匹维溴铵。
针对腹泻的药物
止泻药物： 洛哌丁胺可抑制肠道平滑肌的收缩，减少肠蠕动，从而起到止泻作用。但2岁以下儿童禁用洛哌丁胺，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，使用后可能会出现不良反应。还有复方地芬诺酯也可用于止泻，但也有一定的禁忌，比如肠梗阻患者禁用等。
针对便秘的药物
通便药物： 对于肠易激综合征伴便秘的患者，可使用聚乙二醇电解质散，它能增加肠道内的水分，使粪便软化，促进排便。不过，严重肠道狭窄者禁用聚乙二醇电解质散。还有乳果糖口服溶液，它在肠道内被细菌分解为乳酸和醋酸，酸化肠道，增加粪便体积，刺激肠道蠕动，从而缓解便秘，但半乳糖血症患者禁用乳果糖口服溶液。
调节肠道菌群的药物
益生菌类药物： 双歧杆菌四联活菌片可调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，对肠易激综合征有一定的辅助治疗作用。不过，服用时要注意避免与抗菌药物同时服用，若必须服用，两者服用时间应间隔2 - 3小时。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，它也能调节肠道菌群，维持肠道正常的生理功能，婴儿可以在医生指导下使用，但要注意正确的服用方法。