拇指指甲凹陷的成因包括遗传、疾病以及长期接触化学物品刺激等，具体如下：
一、遗传：
1.生理性遗传没有任何危害，只是一种生理性的结构表现。
2.病理性遗传可见于家族性的常染色体的显性遗传病，通常在1至2岁内发病。
二、疾病：
1.如果指甲扁平凹陷呈匙状，甲板有点状凹陷，呈针尖大小并似顶针样改变，而其余部分基本正常，在银屑病、湿疹、皮炎和斑秃患者中较为常见，中医认为此症状属于风湿热的一种表现。
2.如果指甲变薄，中央凹陷且四周隆起呈匙状，多见于缺铁性贫血、甲状腺肿瘤、冠心病、伤寒等，也可在湿疹、冻疮、扁平苔藓、梅毒、真菌感染等疾病中出现。
三、长期接触：长期接触强碱性肥皂或者与石油相关的产品，也容易导致出现这种情况。
总结概况提示：拇指指甲凹陷有多种原因，遗传方面包括生理性和病理性，疾病方面涉及多种病症，长期接触特定物品也会引发，应注意区分并根据具体情况进行分析判断。