低分化腺癌治疗通常需综合多种手段，手术切除是早期低分化腺癌的主要治愈性手段，对于能手术的患者，约有30% - 50%的早期低分化腺癌患者通过手术有长期生存的可能。
手术治疗方面
根治性手术： 对于肿瘤局限、没有远处转移的低分化腺癌患者，通过手术完整切除肿瘤病灶及周围可能受侵犯的组织。比如胃肠道低分化腺癌，若处于早期，手术切除后有较好的预后机会。姑息性手术： 如果肿瘤已经发生转移无法完全切除，为了缓解症状，如解除梗阻等，也会考虑姑息性手术。例如结直肠低分化腺癌出现肠梗阻时，可能做短路手术来恢复肠道通畅。
化疗应用情况
辅助化疗： 术后辅助化疗常用于根治性手术之后，目的是杀死可能残留的癌细胞，降低复发转移风险。一般在术后一段时间内开始，比如胃癌低分化腺癌根治术后，通常会采用氟尿嘧啶类联合铂类等药物进行辅助化疗。新辅助化疗： 对于一些中期的低分化腺癌，在手术前先进行化疗，可使肿瘤缩小，增加手术切除的机会，提高根治性切除率。像局部晚期的食管癌低分化腺癌，新辅助化疗后再手术能改善预后。
放疗的作用体现
根治性放疗： 对于不能手术的低分化腺癌患者，或作为手术的补充治疗。例如部分不能手术的鼻咽癌低分化腺癌，通过根治性放疗可以控制肿瘤生长。姑息性放疗： 用于缓解有转移病灶引起的疼痛等症状，比如骨转移导致的疼痛，通过放疗可以减轻痛苦，改善患者生活质量。
靶向治疗情况
针对特定靶点： 部分低分化腺癌存在特定的靶点突变时可以应用靶向治疗。例如肺癌低分化腺癌中，如果有EGFR基因突变，可以使用吉非替尼等靶向药物，能精准抑制肿瘤细胞生长，相对化疗副作用可能较小，疗效也较为显著，但需要先通过基因检测明确是否有相应靶点。