六个月宝宝晚上发烧到39度，可采取以下措施：
1.服用退烧药：宝宝发烧到39度属于高烧，需要服用退烧药来降低体温，如布洛芬或对乙酰氨基酚。按照药品说明书的剂量和使用方法给宝宝服用，并注意观察宝宝的体温变化和不良反应。
2.物理降温：除了服用退烧药，还可以采用物理降温的方法来帮助宝宝退烧，如温水擦浴、贴退热贴等。用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，或者给宝宝贴上退热贴。
3.多喝水：发烧会导致宝宝体内水分流失，因此要及时给宝宝补充水分，可以让宝宝多喝水，也可以给宝宝喝一些果汁、糖水等。
4.保持室内通风：保持室内通风良好，避免宝宝过热。
5.及时就医：如果宝宝发烧持续不退或者出现其他症状，如呼吸急促、咳嗽、呕吐、腹泻等，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。
需要注意的是，以上措施仅供参考，如果宝宝发烧持续不退或者出现其他异常症状，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。同时，在宝宝发烧期间，要注意观察宝宝的精神状态和饮食情况，保持宝宝的皮肤清洁和干燥，避免宝宝着凉。