儿童消化不良可以使用一些调节胃肠功能的药物来改善，比如常用的有益生菌类药物，像双歧杆菌三联活菌散等，一般来说通过合理用药能在一定程度上缓解儿童消化不良的情况。
常用的药物类型
益生菌制剂： 这类药物可以调节儿童肠道菌群。比如双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，帮助改善消化不良引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。不过要注意，储存时需放在2 - 8℃冷藏环境下。胃蛋白酶合剂： 它是一种帮助消化的药物，能消化蛋白质。适用于胃蛋白酶缺乏或消化功能减退引起的消化不良，但要注意不能与酸性药物同服。
不同年龄段儿童用药注意
婴幼儿期： 6个月以下的婴儿出现消化不良，使用药物更需谨慎。可以优先考虑使用安全性较高的益生菌，如布拉氏酵母菌散，它相对比较温和，但使用前最好咨询医生。学龄前儿童： 3 - 6岁的儿童消化不良时，可以在医生指导下适当使用一些中成药制剂，如小儿健胃消食片，它由太子参、陈皮、山药等成分组成，能健胃消食，不过不能过量服用。
非药物干预与药物配合
饮食调节配合用药： 即使使用药物治疗儿童消化不良，饮食调节也很重要。比如让儿童多吃些易消化的食物，像小米粥，它容易消化吸收，配合药物治疗能更好地改善消化不良状况。而且在用药期间，要避免让儿童吃油腻、辛辣等刺激性食物。观察用药反应： 在给儿童服用消化不良药物时，要密切观察用药反应。如果服用益生菌后儿童出现皮疹等过敏反应，要立即停药并就医。同时，不同药物有不同的服用要求，比如胃蛋白酶合剂一般需要在饭前服用，而益生菌类药物有的可以饭后服用，要按照正确方法给儿童用药。