排尿困难可能由多种原因引起。比如，男性前列腺增生是常见原因之一，50岁以上男性中约半数会受到前列腺增生影响，主要是前列腺体积增大，压迫尿道，导致排尿困难。
泌尿系统梗阻性病变
尿道狭窄：多因尿道外伤、感染或先天性尿道发育异常等引起。例如，尿道外伤后未规范治疗，可能形成瘢痕导致尿道狭窄，使尿液排出受阻。膀胱结石或尿道结石：结石会堵塞尿道或膀胱出口，阻碍尿液排出。小的结石可能刺激尿道产生排尿困难，大的结石则完全阻断尿液流出。
泌尿系统感染
急性膀胱炎：细菌感染膀胱黏膜，引起膀胱黏膜充血、水肿，敏感性增高，出现尿频、尿急，严重时也会导致排尿困难。急性前列腺炎：常见于中青年男性，细菌感染前列腺导致前列腺充血肿胀，压迫尿道，引起排尿困难，还可能伴有尿痛、发热等症状。
神经源性膀胱
中枢神经系统病变：如脑出血、脑梗死、脊髓肿瘤等，会影响神经对膀胱的控制。例如，脊髓损伤患者，由于脊髓传导通路受损，膀胱的排尿反射不能正常进行，导致排尿困难。外周神经系统病变：糖尿病患者长期高血糖可损害外周神经，影响膀胱的神经支配，使膀胱收缩无力，出现排尿困难。
药物因素
某些降压药：如钙通道阻滞剂中的硝苯地平，可能导致部分人出现排尿困难的副作用。还有抗抑郁药中的某些三环类药物，也可能影响排尿功能。抗过敏药：像扑尔敏（氯苯那敏）等，有抗胆碱能作用，会抑制膀胱逼尿肌收缩，引起排尿困难。