三岁小孩早上起来口臭，其原因包括进食刺激性食物、口腔卫生不佳、牙周脓肿等。具体如下：
一、进食刺激性食物：像洋葱、大蒜这类刺激性食物，食用后食物残渣会被细菌大量分解，从而可能引发早上起来口臭的情况。比如洋葱含有一些特殊的物质，在进食后会有部分残留，这些残留被细菌作用后就容易产生异味。大蒜中含有的含硫化合物等，也会在食用后残留并在细菌分解下产生难闻气味。
二、口腔卫生不佳：舌背表面积较大，存在众多乳头、裂缝和凹陷，这为细菌、口腔粘膜脱落上皮和食物残渣的滞留提供了条件，堪称一个“细菌储藏室”。细菌会对食物残渣中的有机成分进行分解，产生大量挥发性硫化物，进而导致早上起来出现口臭现象。具体来说，舌背上的这些特殊结构容易藏匿各种物质，而口腔中的细菌在合适环境下就会大量繁殖并对这些残留物质进行分解，硫化物等异味物质就随之产生。
三、牙周脓肿：牙周脓肿和牙周袋溢脓主要由金黄色葡萄球菌感染合并牙周致病菌感染引起，也会散发异味。随着炎症的发展，细菌大量繁殖，对唾液、龈沟液和食物残渣中的有机成分进行分解，生成大量挥发性硫化物、吲哚等物质，于是就出现了早上起来口臭的状况。比如金黄色葡萄球菌会与其他牙周致病菌一起作用于牙周组织，引发炎症反应和脓液形成，在这个过程中就会产生异味物质。
总结概括提示：三岁小孩早上口臭可能由多种原因引起，包括食物因素、口腔自身状况以及牙周疾病等，需根据具体情况进行分析和处理。