新生儿睡着睡着突然咳嗽两声，可能是由于空气较干燥、存在冷热变化、睡前吃得过饱、哭闹较久等原因导致，需依据具体情况针对性地缓解或治疗，若状况未改善则应及时就医。平时应常让新生儿进行户外活动，呼吸新鲜空气，多晒太阳，多喝水，多休息，提倡母乳喂养，强化营养以提升免疫力，防治营养不良及佝偻病。
一、若因空气较干燥，或突然受到冷空气、热空气、烟味等刺激引发咳嗽，那么建议保持居室空气流通，湿度以55%到60%左右为宜，同时要避免被动吸烟，并且根据气候变化及时增减衣被。
二、要是因为睡前吃得过饱导致胃酸反流而引起咳嗽，就应注意在睡前避免进食过多。
三、如果是由于睡前哭闹较久致使喉部肌肉紧张，睡着后放松而引起咳嗽，那就要尽量安抚孩子以减少其哭闹。
总之，对于新生儿睡着时突然咳嗽的情况，要明确原因并采取相应措施，必要时及时就医，日常也要做好各方面的护理来保障新生儿的健康。