早上起来不自觉流眼泪可能由眼部疲劳、细菌性结膜炎、急性泪囊炎等引起，以下是具体分析：
一、眼部疲劳：如果患者长期睡眠不足且用眼过度，导致眼睛疲劳，就会出现早上起来不自觉流眼泪，还可能伴有轻微胀痛等症状。对此，患者平时应保证充足的睡眠，注意合理用眼，还可适当进行热敷来缓解不适。
二、细菌性结膜炎：这是由细菌引发的结膜部炎症感染，当致病菌的侵害力超过人体自身免疫力时就会发病。患者会有早上起来不自觉流泪的表现，同时伴有明显的眼部刺激感、结膜充血、眼角分泌物增多以及眼睑肿胀等情况。治疗上，可以局部使用广谱氨基苷类或喹诺酮类药物，比如妥布霉素滴眼液，口服阿奇霉素片、盐酸莫西沙星片等；也可采用足量的抗生素，如青霉素、头孢曲松钠等，还可联合使用阿奇霉素片或盐酸多西环素等。
三、急性泪囊炎：多数是由于金黄色葡萄球菌或溶血性链球菌侵入，同时机体抵抗力低下而引发的急性炎症，常继发于鼻泪管狭窄或阻塞。细菌感染后泪液携带细菌，而鼻泪管不通使泪液无法流入鼻腔，携带细菌的泪液滞留泪囊，从而使泪囊遭受细菌感染并产生化脓性炎症。患者可见患眼充血，早上起来不自觉流眼泪，并有脓性分泌物，泪囊区局部皮肤红肿、坚硬且疼痛等。在治疗早期可行局部热敷，全身和局部使用足量抗生素来控制炎症，局部用药可选用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等，全身用药可口服头孢类或喹诺酮类药物，如头孢克肟分散片、头孢曲松钠、诺氟沙星胶囊、盐酸环丙沙星片等；但在炎症期切记不可进行泪道探通或泪道冲洗，以免导致感染扩散。如果炎症未能得到控制且脓肿形成，则应切开排脓，并放置橡皮引流条，待伤口愈合。
总结：早上起来不自觉流眼泪的原因多样，需根据具体情况进行诊断和治疗。眼部疲劳主要通过调整作息和适当热敷来改善；细菌性结膜炎可使用相应药物治疗；急性泪囊炎要综合多种方法治疗，且炎症期要注意避免不当操作。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。