导致停胎的原因较多，据相关研究，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
胚胎染色体异常：
染色体数目异常： 比如常见的三体综合征，像21 - 三体、18 - 三体等，胚胎细胞内染色体数量不是正常的46条，而是出现了增多或减少的情况，这种异常会严重影响胚胎的正常发育，从而导致停胎。染色体结构异常： 如染色体缺失、易位等，染色体的结构发生了改变，使得基因的排列和功能出现紊乱，进而干扰胚胎的生长进程，引发停胎。
母体因素：
内分泌失调： 例如黄体功能不全，女性体内的孕激素分泌不足，而孕激素对维持妊娠起着重要作用，它能保证子宫处于适宜胚胎着床和发育的状态，孕激素不足就可能导致胚胎无法正常着床和发育，引发停胎。还有甲状腺功能异常，甲状腺激素分泌过多或过少都会影响胚胎的发育，甲状腺功能减退时，机体的代谢水平降低，会影响胚胎的营养供应等，增加停胎风险。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境会影响胚胎的代谢，导致胚胎发育异常；孕妇感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，病毒可通过胎盘影响胚胎，造成胚胎停育。
子宫因素：
子宫解剖异常： 像子宫畸形，如双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床位置和生长空间，使得胚胎难以正常发育；子宫肌瘤，尤其是黏膜下的子宫肌瘤，会影响宫腔内的环境，阻碍胚胎的种植和发育，增加停胎的可能性。宫腔粘连： 宫腔粘连会导致宫腔容积减小，胚胎着床后缺乏足够的空间生长，进而引发停胎。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血管形成，导致胎盘血流灌注不足，胚胎得不到充足的营养和氧气供应，从而出现停胎。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受失衡，母体的免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，使得胚胎无法在子宫内正常存活，引发停胎。