巧克力囊肿通常可以做试管婴儿。巧克力囊肿一般是子宫内膜在卵巢内种植，或者生发上皮化生为子宫内膜，使得卵巢出现子宫内膜异位，而陈旧性血液积聚在囊内呈现巧克力状。以下是关于巧克力囊肿与试管婴儿的详细阐述：
一、巧克力囊肿与试管婴儿的关系
1.当患有巧克力囊肿且同时合并卵巢储备功能下降、炎症，以及存在不孕症如输卵管堵塞等情况，或者男方有少精、弱精等因素需要进行试管婴儿时，可直接进入试管婴儿周期，其移植后的成功率、妊娠率和活产率与一般情况并无差异，并不影响进行试管婴儿。
2.若巧克力囊肿巨大，在8至9厘米以上，增长较快或出现囊实性成分，经病理活检排除恶性病变的前提下，需要在进行试管婴儿前先进行腹腔镜手术，去除巧克力囊肿后再做试管婴儿，否则可能影响卵子生成而无法完成取卵。
二、巧克力囊肿的特点
巧克力囊肿有一定复发概率。
总之，巧克力囊肿患者通常是可以做试管婴儿的。但要注意根据具体情况进行评估和处理，同时要遵医嘱及时就诊随访，必要时进行妇科检查、腹部B超、卵巢肿瘤标志物等相关检查，以明确症状的控制情况。