阴茎皮下长小肉疙瘩，可能是尖锐湿疣、珍珠疹、皮脂腺异位症、传染性软疣等疾病引起。建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣通常表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位的小肉疙瘩，逐渐增大、增多，可呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面粗糙，易出血。尖锐湿疣可通过醋酸白试验、HPV检测等明确诊断。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、外用药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫调节剂治疗等。
2.珍珠疹：是一种发生在阴茎冠状边缘的丘疹，表现为珍珠状、半透明的丘疹，环绕阴茎冠状边缘排列成一行或数行，无明显自觉症状。珍珠疹可能与包皮过长、局部刺激等因素有关。珍珠疹一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除。
3.皮脂腺异位症：是一种皮脂腺疾病，病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激等有关。皮脂腺异位症通常表现为阴茎、龟头等部位的粟丘疹，无明显自觉症状。皮脂腺异位症一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，主要通过直接接触传播。传染性软疣通常表现为阴茎、龟头等部位的半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。传染性软疣可通过直接镜检、病毒检测等明确诊断。治疗方法包括挤出疣体、外用药物治疗（如维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等）和物理治疗（如冷冻、激光等）等。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果发现阴茎皮下长小肉疙瘩，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，以预防疾病的发生。