无创DNA和羊水穿刺都是用于产前筛查胎儿染色体异常的方法，但有诸多区别。无创DNA的费用大概在1000~3000元左右，而羊水穿刺费用一般在2000~3000元。
检测原理方面
无创DN
A： 通过采集孕妇外周血，利用测序技术检测其中胎儿游离DNA片段，从而分析胎儿染色体是否存在异常，主要是筛查常见的三体综合征，如21 - 三体、18 - 三体、13 - 三体等。羊水穿刺： 是直接抽取孕妇宫腔内的羊水，获取其中的胎儿脱落细胞，对胎儿细胞进行染色体核型分析，能诊断出染色体数目和结构的异常，检测范围更全面，除了常见三体综合征，还能检测其他染色体结构异常等问题。
适用人群不同
无创DN
A： 适合孕周12~22+6周的孕妇；唐筛结果为临界风险的孕妇；不愿接受有创产前诊断的孕妇；高龄但不愿接受有创产前诊断的孕妇等。一般来说，年龄在35岁以下的孕妇，如果没有高危因素，可优先考虑无创DNA。羊水穿刺： 适合预产期年龄≥35岁的高龄孕妇；唐筛或无创DNA筛查提示高风险的孕妇；曾生育过染色体病患儿的孕妇；夫妇一方为染色体异常携带者；超声检查发现胎儿结构异常的孕妇等。
检测准确性有别
无创DN
A： 无创DNA的检出率对于21 - 三体、18 - 三体、13 - 三体的检出率分别能达到99%以上、97%以上、90%以上，但它属于筛查手段，存在一定的假阳性和假阴性率。羊水穿刺： 羊水穿刺是有创的产前诊断方法，准确性较高，对染色体异常的诊断准确率能达到99.9%以上，是诊断胎儿染色体异常的金标准，但有一定的流产风险，大约在0.5%~1%左右。