治疗跖疣的药膏有多种，常见的如5%氟尿嘧啶软膏，一般需要连续使用数周才有效果。
外用抗病毒药膏
5%氟尿嘧啶软膏： 通过抑制细胞DNA合成发挥作用来治疗跖疣，但可能会引起局部刺激，如红肿、疼痛等。使用时要注意避免接触正常皮肤。水杨酸软膏： 具有角质剥脱作用，能使疣体逐渐脱落。一般每周使用1 - 2次，使用时需保护周围正常皮肤，若出现严重刺激反应应停药。
免疫调节剂类药膏
咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，通过刺激局部干扰素等细胞因子的产生来发挥作用。通常每周使用3次，每次用药后6 - 10小时洗净。部分人使用后可能出现局部红斑、脱屑等反应。
腐蚀性药膏
斑蝥素乳膏： 有一定腐蚀性，能使疣体坏死脱落。使用时要准确涂抹在疣体上，避免接触正常皮肤，使用过程中要密切观察局部反应，若周围正常皮肤出现炎症反应需及时处理。不过该药膏对于儿童等特殊人群使用需谨慎，因为其腐蚀性可能对皮肤造成较大损伤。