灰指甲通常可以用外用药物、口服药物来治疗，其中外用药物如阿莫罗芬搽剂较为常用，一般每周使用1-2次，坚持使用几个月可能见效；口服药物常用伊曲康唑胶囊等，一般需要连续服用几个疗程。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是局部抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成来发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，一般每周使用1-2次。不过，使用过程中要注意，如果皮肤有破损或对阿莫罗芬过敏则不宜使用。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药物，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。使用时涂抹在病甲上，每天1-2次。但要注意避免接触眼睛和其他黏膜，若用药部位出现红肿、烧灼感等应停药。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊： 是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450依赖酶，干扰真菌麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。不过，严重肝病患者、孕妇禁用，用药前需检查肝功能，用药过程中也要定期监测肝功能。特比萘芬片： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。一般每天服用一次，连续服用6-12周。但对特比萘芬过敏者禁用，有严重肝肾功能不全者慎用，同样用药前和用药过程中要关注肝功能情况。
综合治疗注意事项
在治疗灰指甲时，还需要注意个人卫生，保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要坚持规范用药，因为灰指甲的治疗周期较长，不能半途而废。如果是指甲受损严重的情况，可能还需要结合外科拔甲等方法辅助治疗，但外科拔甲要由专业医生操作。另外，对于免疫力低下的人群，如糖尿病患者等，在治疗灰指甲的同时要积极控制基础疾病，因为免疫力低下会影响灰指甲的治疗效果，且容易导致灰指甲复发。