基因突变和染色体变异的主要区别在于能否被显微镜观察到。
一、关于能否被观察到的区别：
1.染色体变异能通过显微镜观察到，当染色体进行加减分裂或排列时出现异常，比如染色体多一条或少一条，染色体的长臂或短臂缺失、重复，染色体的方向改变，或者长臂与短臂连接出现问题等情况。
2.基因突变则无法具体观察到，因为基因是染色体的一部分，突变发生在染色体的一个节点上。
二、其他方面的区别：
1.基因突变通常是在结构上发生顺序改变，可能是受到各种物理射线影响，或是某些化学物质如农药、生物碱、黄曲霉素等导致。其一般发生在DNA复制时期，且并非所有基因突变都会对身体造成损害。
2.染色体变异可能是由于数目改变引起，也可能是生活中接触刺激性较大的化学物质所致，还可能与遗传因素有关，如近亲结婚等。
总之，基因突变和染色体变异存在着明显的区别，在可观察性、产生原因等方面都有所不同。