习惯性流产是指连续自然流产3次及3次以上者。导致习惯性流产的原因有多种。
遗传因素相关
染色体异常：夫妻双方任何一方存在染色体数目或结构异常，都可能引发习惯性流产。例如，平衡易位携带者，其孕育的胚胎有很大概率出现染色体不平衡，从而导致流产，这种情况在习惯性流产人群中占一定比例。基因缺陷：某些基因的缺陷也可能影响胚胎的正常发育，增加流产风险。比如与胚胎发育相关的关键基因发生突变等情况，会干扰胚胎的着床和生长。
内分泌因素相关
黄体功能不全：女性黄体分泌的孕酮不足，会使子宫内膜不利于胚胎着床和发育。一般来说，黄体期短于12天的女性，习惯性流产的发生率会明显升高。甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响胚胎的正常生长；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对妊娠产生不利影响，增加流产几率。
子宫因素相关
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫等子宫畸形情况，子宫的形态和结构异常，会影响胚胎的着床位置和生长空间。例如单角子宫，宫腔空间相对狭小，不利于胚胎充分发育。宫腔粘连：多次人工流产等操作可能导致宫腔粘连，宫腔粘连会使子宫内膜受损，影响胚胎着床，从而引发习惯性流产。一般有过多次宫腔操作史的女性，发生宫腔粘连进而导致习惯性流产的风险较高。
免疫因素相关
自身免疫异常：体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，导致胚胎得不到充足营养而流产。大约有15%-20%的习惯性流产与自身免疫异常有关。同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统攻击胚胎，也会引发习惯性流产。这种情况在一些不明原因的习惯性流产中较为常见。