早上起床嘴巴口臭可能由多种原因引起，其中口腔问题较为常见，比如约有50%~90%的口臭是由口腔因素导致的。
口腔卫生不佳导致
口腔清洁不彻底：如果晚上刷牙不认真，食物残渣会残留在牙齿表面、牙缝中，经过一晚上的细菌发酵，就会产生难闻的气味。比如，有人晚上吃了甜食后没好好刷牙，第二天早上就容易口臭。牙菌斑和牙结石堆积：牙菌斑是一种无色的粘性薄膜，由细菌、食物残渣等组成，如果不及时清除，会逐渐钙化形成牙结石。牙菌斑和牙结石上滋生的细菌会分解口腔内的有机物，产生有臭味的物质，从而引发口臭。一般来说，长期不洗牙的人更容易出现这种情况。
口腔疾病引发
龋齿：牙齿出现龋洞时，食物容易嵌塞在龋洞内，细菌在龋洞内大量繁殖，发酵食物残渣产生异味。例如，有龋齿的人早上起床后口臭往往比较明显。牙龈炎：牙龈发炎时，牙龈会红肿、出血，细菌在发炎的牙龈部位大量滋生，也会导致口臭。据统计，患有牙龈炎的人群中，约有80%~90%会出现不同程度的口臭问题。牙周炎：牙周炎是较严重的口腔疾病，不仅有牙龈炎症，还会有牙周袋形成、牙槽骨吸收等情况，牙周袋内会积聚大量的菌斑、脓液等，这些都会产生难闻的气味，导致口臭，而且牙周炎患者的口臭往往比较顽固。
胃肠道问题导致
消化不良：晚上进食过多、过快，或者胃肠蠕动功能减弱，导致食物在胃肠道内停留时间过长，容易引起消化不良。未消化的食物在胃肠道内发酵，产生的气味可能会通过口腔散发出来，导致早上起床口臭。比如，晚餐吃了很多高蛋白、高脂肪食物且运动量少的人，就容易出现这种情况。幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌是一种寄生于胃内的细菌，感染后可能会引起胃炎、胃溃疡等疾病，还会导致口臭。有研究表明，感染幽门螺杆菌的人群中，约有60%~80%会出现口臭症状，而且这种口臭比较特殊，有一定的异味，类似于腐败鸡蛋的气味。