孕三个月有褐色分泌物不一定正常，需分情况看待。
一、可能正常的情况
若褐色分泌物量少，无腹痛等其他不适，可能是胚胎着床时的少量出血残留，属于正常生理现象，因怀孕后激素变化可能出现这种情况，对胚胎发育影响不大。
二、可能异常的情况
- 先兆流产：若褐色分泌物伴有腹痛，可能是先兆流产征兆。此时胚胎发育可能出现问题，激素水平变化或子宫收缩等原因导致出血，需引起重视。
- 宫颈病变：孕妇本身有宫颈炎症、息肉等病变时，也可能出现褐色分泌物。宫颈局部组织脆弱，怀孕后激素变化可能加重病变导致出血。
- 胎盘因素：胎盘位置异常等胎盘相关问题也可能引起褐色分泌物。胎盘位置过低等情况可能导致出血。
孕妇发现孕三个月有褐色分泌物时，应及时就医检查，通过B超等检查了解胚胎情况、胎盘情况等，以便明确原因并采取相应措施。同时要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情稳定。