尿结石形成的原因较为复杂，主要与代谢、局部因素和药物等有关。比如，尿液中一些物质浓度过高，像草酸、钙、尿酸等，就容易析出形成结石。正常情况下，尿液中各种成分保持平衡，但当某些因素打破这种平衡，就可能引发尿结石。
代谢异常相关因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸或胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。比如，尿钙排泄增加，常见于甲状旁腺功能亢进患者，他们的尿液中钙含量较高，长期如此就增加了尿结石形成的风险。还有草酸摄入过多，像经常大量吃菠菜、草莓等富含草酸的食物，会使尿中草酸浓度升高，增加草酸钙结石形成几率。尿量减少： 当人体喝水过少时，尿液会浓缩，使得尿液中成石物质的浓度相对升高，从而容易形成结石。一般来说，每天尿量少于1000毫升，就会增加尿结石形成的可能性。
局部因素相关情况
尿路感染： 一些细菌、感染产物等可以作为核心，促使尿结石形成。比如，变形杆菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，进而形成磷酸镁铵结石。而且，尿路感染时，炎症会改变局部环境，有利于结石的形成和发展。尿路梗阻： 当尿路存在梗阻时，尿液排出不畅，导致尿液在局部潴留，使得成石物质容易沉积，从而形成结石。像先天性尿路畸形，如肾盂输尿管连接处狭窄，就会引起尿液梗阻，长期下去就可能引发尿结石。
药物相关因素
某些药物： 一些药物也可能导致尿结石形成。比如，氨苯蝶啶代谢产物溶解度低，容易形成结石；还有磺胺类药物，在尿液中溶解度较低，也容易析出形成结石。如果长期服用这类药物，就需要密切监测尿液情况，预防尿结石的发生。