怀孕三个月时出现感冒、喉咙痛、头痛，可通过如下方法治疗：
一、日常护理：
1.患者出现这些症状后要注重保暖，防止身体受外界寒气侵袭而使病情加重。
2.在日常生活中需多休息，避免过度劳累。
二、饮食调理：
1.当有这些症状时要及时调整饮食，避免食用辛辣、生冷、油腻等刺激性强的食物，以防对喉咙和头部产生刺激导致症状加重。
2.患者可以适当进食富含维生素的食物以促进恢复，比如梨、丝瓜、苦瓜等。
三、药物治疗：
若感冒严重，有较明显的喉咙痛、头痛症状，可在医生指导下使用感冒灵颗粒、金银花颗粒、板蓝根颗粒等药物进行治疗。
总结概况提示：怀孕三个月出现相关症状可从日常护理、饮食调理、药物治疗等方面着手处理，日常护理要注意保暖和休息，饮食调理要避免刺激性食物并适当多吃富含维生素食物，药物治疗需在医生指导下进行，根据病情选择合适药物。