肛窦炎的治疗方法需根据病情轻重来定，一般来说，轻度肛窦炎可通过保守治疗缓解，而较为严重的可能需要手术干预。
药物保守治疗
局部药物坐浴： 常用的有1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天可进行1 - 2次，每次坐浴15 - 20分钟，能起到清洁、消炎的作用。抗生素应用： 若肛窦炎是细菌感染引起，可根据病情选用合适的抗生素，比如头孢类抗生素等，不过具体用药需遵循医生指导，不能自行随意使用。
手术治疗情况
肛窦切开术： 当肛窦炎发展到一定程度，形成脓肿等情况时，可能需要做肛窦切开术。这种手术适用于肛窦内已成脓，或伴有肛乳头肥大、隐性瘘管的患者。肛窦切除术： 如果肛窦炎伴有肛窦内口较深、病变范围较大等情况，可能会采用肛窦切除术。但手术治疗后需要注意创面的护理，按时换药等。
日常护理要点
饮食调整： 患者要避免食用辛辣、刺激性食物，像辣椒、花椒等，同时要减少饮酒。多吃蔬菜水果，保持大便通畅，每天保证摄入足够的膳食纤维，有助于肠道健康，减轻对肛窦的刺激。保持肛门清洁： 要注意保持肛门局部的清洁卫生，每次排便后可以用温水清洗肛门，勤换内裤，避免细菌滋生加重肛窦炎的病情。
生活习惯注意
避免久坐久站： 长时间久坐久站会影响肛门局部的血液循环，容易诱发肛窦炎或者导致病情加重。所以要适当进行活动，比如每隔一段时间起身走动一下，促进血液循环。养成良好排便习惯： 要养成每天定时排便的好习惯，排便时间不宜过长，一般控制在5 - 10分钟内，避免过度用力排便，防止对肛窦造成损伤。