卵巢早衰的原因较为复杂，主要包括遗传因素、自身免疫性疾病、医源性因素以及环境和生活方式等。
遗传因素
部分卵巢早衰与遗传有关，如X染色体相关基因异常等遗传突变可能导致卵巢功能过早衰退，此类情况往往有家族遗传倾向，若家族中有女性较早出现卵巢早衰情况，其他女性需提高关注。
自身免疫性疾病
自身免疫性疾病可攻击卵巢组织，引发卵巢早衰。例如自身免疫性甲状腺疾病等，免疫系统错误地将卵巢组织当作外来异物进行攻击，破坏卵巢正常结构和功能，影响卵子生成及激素分泌。
医源性因素
某些医疗操作或治疗可能导致卵巢早衰。如化疗药物，在治疗恶性肿瘤时，化疗药物在杀伤肿瘤细胞的同时，也可能损害卵巢的生殖细胞和卵巢组织，影响卵巢功能；卵巢手术，若因疾病进行卵巢部分切除等手术，可能破坏卵巢正常组织，导致卵巢功能提前衰退。
环境和生活方式
长期接触某些环境污染物，如塑料制品中的邻苯二甲酸酯等，可能干扰内分泌系统，影响卵巢功能；不良生活方式也是诱因之一，长期熬夜、过度吸烟饮酒等会打乱人体内分泌节律，影响卵巢正常生理功能，增加卵巢早衰发生风险。