药物流产会有一定程度的疼痛，一般在服用最后一次药物后的几个小时内出现腹痛，疼痛程度因人而异，通常类似于较强烈的痛经。
疼痛的大致过程
药物流产一般使用米非司酮和米索前列醇联合用药。服用米索前列醇后，子宫会收缩，从而促使胚胎排出，这个过程中会引发腹痛。通常服用米索前列醇后2-6小时内会出现腹痛，多数女性可以耐受这种疼痛，但也有少数人疼痛较为剧烈。
影响疼痛程度的因素
个人痛阈差异
不同女性对疼痛的耐受程度不同。痛阈较低的女性可能会觉得药物流产时的疼痛相对更明显，而痛阈较高的女性感受可能相对较轻。比如，有的女性平时来月经时疼痛就很轻微，那么药物流产时的疼痛可能也在其可耐受范围内；但有的女性平时就容易痛经且疼痛较严重，药物流产时的疼痛可能会让她感觉比平时痛经更厉害些。
妊娠囊大小
妊娠囊较小的时候，子宫收缩相对容易将其排出，疼痛程度可能相对轻一些；如果妊娠囊较大，子宫需要较强的收缩才能将其排出，这时候疼痛往往会更明显。一般妊娠囊直径小于2cm时，疼痛相对没那么剧烈，而妊娠囊直径大于2cm时，疼痛可能会更显著。
子宫位置
子宫前位的女性相对来说药物流产时疼痛可能感觉没那么强烈，因为子宫位置较有利于子宫收缩时的力线；而子宫后位的女性，子宫收缩时可能需要克服更多的角度问题，疼痛程度可能相对高一些。不过这种差异不是绝对的，但在一定程度上会对疼痛感受有影响。
缓解疼痛的相关情况
在药物流产过程中，医生可能会根据情况采取一些措施来缓解疼痛。比如，对于疼痛较为剧烈的女性，可能会考虑适当使用一些缓解宫缩痛的药物辅助，但会严格把握用药指征。同时，女性在药物流产时要尽量放松心情，因为过度紧张会加重对疼痛的感受，放松状态下可能会相对更能耐受疼痛。