重症肌无力是一种神经肌肉接头传递功能障碍的获得性自身免疫性疾病，其发病原因与自身免疫、遗传等因素有关。约80%的患者胸腺有异常，如胸腺增生，约10% - 15%的患者合并胸腺瘤。
自身免疫因素：
抗体相关：患者体内存在乙酰胆碱受体抗体（AchR - Ab），约80% - 90%的全身型重症肌无力患者血清中可检测到AchR - Ab。这种抗体能与神经肌肉接头处突触后膜的乙酰胆碱受体结合，干扰乙酰胆碱与受体的正常结合，影响神经冲动的传递，导致肌肉无力。另外，还有肌肉特异性酪氨酸激酶抗体（MuSK - Ab），约5% - 10%的重症肌无力患者会出现MuSK - Ab阳性，多见于无AchR - Ab的女性、胸腺瘤患者等，它主要影响肌肉细胞的信号传导，阻碍肌肉的正常收缩功能。免疫调节异常：人体的免疫系统失调，导致自身产生攻击自身神经肌肉接头的抗体。正常情况下，免疫系统能识别自身和非自身物质，但在重症肌无力患者中，免疫系统的B细胞、T细胞等免疫细胞功能出现异常，B细胞过度活化，产生过多的致病性抗体，而T细胞的调节功能减弱，不能有效抑制B细胞的过度反应，从而引发自身免疫反应攻击神经肌肉接头部位，引起肌肉无力症状。
遗传因素：
家族遗传倾向：部分重症肌无力患者有家族聚集现象，研究发现某些基因的突变与重症肌无力的发病相关。比如，人类白细胞抗原（HLA）基因与重症肌无力的易感性有关，特定的HLA基因型可能增加患重症肌无力的风险。有家族史的人群相对普通人群，患重症肌无力的几率会有所升高，但并非家族中有一人患病，其他成员就一定会发病，只是遗传因素增加了发病的可能性。基因变异影响：一些与神经肌肉接头结构和功能相关的基因发生变异，也可能导致重症肌无力。例如，编码乙酰胆碱受体亚单位的基因变异可能影响受体的正常结构和功能，使得受体更容易被自身抗体攻击，从而引发疾病。不过，目前对于具体哪些基因变异与重症肌无力的确切关联还在不断研究中，但遗传因素在重症肌无力的发病中起到了一定作用。
其他可能因素：
环境因素：某些环境因素可能诱发重症肌无力。比如病毒感染，有研究发现，一些病毒感染可能触发人体的免疫反应，进而诱发重症肌无力。像EB病毒感染，可能通过分子模拟机制，使人体免疫系统错误地攻击自身组织，引发类似重症肌无力的免疫反应。另外，某些药物也可能诱发或加重重症肌无力，如氨基糖苷类抗生素（如链霉素、庆大霉素等），这类药物可能干扰神经肌肉接头处的传递功能，导致肌肉无力症状加重，对于本身有重症肌无力倾向的人来说，使用这类药物需要格外谨慎。