滤泡性咽炎的治疗药物需根据具体情况选择，常用的有含漱液和中成药等。一般来说，常用的含漱液如复方硼砂溶液，可用于清洁口腔，缓解咽部不适，通常每天含漱多次。
含漱类药物
复方硼砂溶液： 有消毒防腐作用，能清洁口腔，减轻滤泡性咽炎引起的咽部异物感等不适，使用时按一定比例稀释后含漱。呋喃西林溶液： 同样具有杀菌作用，可抑制细菌生长，帮助改善咽部炎症状态，含漱方法类似复方硼砂溶液。
中成药类
咽炎片： 具有养阴润肺、清热解毒、清利咽喉、镇咳止痒的功效，对于滤泡性咽炎引起的咽干、咽痒、刺激性咳嗽等有一定缓解作用，一般按照说明书规定的剂量服用。清喉利咽颗粒： 能清热利咽、宽胸润喉，可缓解滤泡性咽炎导致的咽部疼痛、声音嘶哑等症状，服用时用开水冲服。
西药对症用药
碘喉片： 含服后可释放出碘，有杀菌、收敛作用，能减轻滤泡性咽炎局部炎症，含服时注意按照合适的频次使用。西地碘含片： 主要成分是分子碘，在唾液作用下迅速释放，直接卤化菌体蛋白质，杀灭各种微生物，对滤泡性咽炎的炎症有一定的控制作用，含服即可。需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，同时，在用药过程中要留意自身症状的变化，如果用药后症状无改善甚至加重，应及时就医调整治疗方案。另外，除了药物治疗，患者还需注意保持良好的生活习惯，如避免过度用嗓、戒烟戒酒、保持室内空气湿润等，这些对于滤泡性咽炎的康复也很重要。