三个月宝宝吐泡泡存在生理原因和疾病原因。
一、生理原因：三个月宝宝正处于唾液腺刚开始发育的时期，这阶段其口腔内唾液分泌物会比较旺盛，而吞咽能力尚未发育完全，所以就会出现生理性的吐泡泡现象。这种情况通常无需特殊处理，随着宝宝年龄增长，吞咽功能逐渐增强，吐泡泡现象便会逐渐改善。
二、疾病原因：口腔溃疡。如果三个月宝宝是奶粉喂养，或者妈妈在母乳喂养时吃了过多易上火食物，就可能导致宝宝发生口腔溃疡，从而出现口腔不舒服的感觉，可能就会不停地吐泡泡。通常需要增加宝宝的饮水量，必要时可在医生指导下使用药物进行治疗，如康复新液、碘甘油等。
总之，当发现三个月宝宝吐泡泡时，要注意区分是生理原因还是疾病原因，以便采取合适的应对措施。