血管痣瘤、痣、毛囊炎都会导致生殖器上出现一个黑色小疙瘩，应尽快就医以明确病因，然后可通过手术、激光等方式进行治疗。
一、血管痣瘤：这是由胚胎期间成血管细胞增生而形成在软组织内或皮肤内的先天性血管畸形和先天性良性肿瘤，可能会有阴茎上长凸起黑痣的现象。其具体形成原因主要是在胚胎发育过程中血管发育异常所致。
二、痣：也被称为色素痣，是黑色素细胞增生所形成的良性病变，可发生在生殖器部位，通常不痛不痒，一般无需处理，但若对外观有影响，可采用激光或手术进行治疗。痣的出现多与遗传、紫外线照射等因素有关。
三、毛囊炎：可能是由于阴茎部位卫生不佳而感染金黄色葡萄球菌，致使阴茎出现毛囊炎情况，炎症刺激阴茎表皮，从而出现阴茎表皮长黑色疙瘩的表现，同时还可能伴有局部疼痛、瘙痒等症状。其产生通常与不注意局部清洁、身体抵抗力下降等相关。
此外，还可能有其他因素导致，需要医生明确病因后给予针对性治疗。总之，当发现生殖器上有黑色小疙瘩时，应重视并及时寻求专业帮助，以便准确诊断和恰当治疗。