两侧附件疼可能由生理性因素或病理性因素引起。生理性因素主要是排卵期卵泡排出对卵巢的刺激；病理性因素包括附件炎、巧克力囊肿、宫外孕等。需及时就医检查以确定治疗方案。
一、生理性因素：
在排卵期时，卵泡从卵巢内排出的过程中，会对卵巢造成一定刺激，进而引发轻微疼痛。这种疼痛通常是一过性的，持续时间不会太长。
二、病理性因素：
1.附件炎：
(1)附件部位出现炎症时，随着炎症的加重会导致局部组织渗出液增多，这些渗出液会对卵巢周围的腹壁膜产生刺激，从而引起疼痛，表现为两侧附件持续性疼痛，同时还伴有分泌物量多、异味等不适症状。
(2)对于附件炎导致的疼痛，建议可遵医嘱口服甲硝唑进行治疗，坚持按疗程服用抗生素，能够较为快速地控制炎症。
2.巧克力囊肿：
(1)可能因子宫内膜异位症而形成巧克力囊肿，在月经来临期间，巧克力囊肿会对附件和小腹两侧造成刺激，引起疼痛，严重时还会出现月经失调，对患者生育造成影响。
(2)发现巧克力囊肿的患者，一般建议通过手术进行治疗，如腹腔镜手术切除囊肿。
3.宫外孕：
(1)怀孕后若为宫外孕，受精卵在患者输卵管部位着床，包块增大就会对输卵管壁造成刺激，容易引起腹痛，出现两侧附件疼。若治疗不及时，当输卵管破裂时，会表现为急性剧烈腹痛，还可能出现大出血。
(2)发现是宫外孕后不能继续妊娠，最好尽快住院，可通过保守药物治疗（如使用甲氨蝶呤）或者做腹腔镜手术，以尽量降低大出血的风险。待宫外孕得到治疗后，两侧附件疼的症状也会消失。
总之，当出现两侧附件疼时，要及时就医，明确具体原因后采取相应的治疗措施。