有卵泡不排卵可能由多种原因引起。一般来说，下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱是常见原因之一，比如约有15% - 20%的排卵障碍与下丘脑功能异常有关。
内分泌失调因素
激素水平失衡： 促黄体生成素（LH）和促卵泡生成素（FSH）的比例失调是常见情况。正常情况下，LH在排卵前会形成一个高峰，如果这个高峰不能正常出现，就可能导致卵泡无法排卵。例如，多囊卵巢综合征患者就常常存在LH水平升高、FSH水平相对不足，进而影响排卵。甲状腺功能异常： 甲状腺激素对排卵有重要调节作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，约有5% - 10%的甲状腺功能减退患者会出现排卵障碍；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素也可能干扰正常的排卵过程。
卵巢局部因素
卵巢病变： 多囊卵巢综合征是比较典型的卵巢局部因素导致不排卵的情况，患者卵巢内有多个小卵泡，但很难发育成熟并排卵，超声检查可发现卵巢呈多囊样改变。另外，卵巢巧克力囊肿也会影响排卵，囊肿会破坏卵巢组织，干扰卵泡的正常发育和排卵。卵巢手术史： 有过卵巢手术的女性，如卵巢囊肿剥除术等，可能会导致卵巢组织受损，影响卵泡的正常排出。例如，进行过单侧卵巢囊肿剥除术的女性，剩余卵巢组织可能因手术创伤等因素出现排卵异常。
精神心理因素
长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而影响垂体分泌LH和FSH，导致卵泡不能正常排卵。研究发现，长期精神压力超过3个月的女性，约有20%会出现排卵障碍。焦虑抑郁情绪： 焦虑和抑郁等不良情绪会通过神经内分泌途径干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能。比如，患有严重抑郁症的女性，排卵异常的发生率比正常女性高出约30%。