男孩子12岁阴茎不大，可能存在以下原因，需及时就医明确并对症处理。
一、未进入青春期：男孩子通常在13至14岁才开始进入青春期，进入青春期后，雄激素分泌增多，阴茎会逐渐增粗增长且阴囊变得饱满。而12岁的孩子很可能尚未进入青春期，所以此时可先暂时观察阴茎的发育情况，无需进行特殊干预。
二、尿道下裂：这是一种较为常见的外生殖器畸形，在胚胎发育时期，尿道沟从前向后闭合以形成完整尿道，若该闭合过程停止，就会出现不同程度的尿道下裂，进而表现为阴茎不大。对此，手术治疗是主要方式，可一次性完成手术，也可分阶段进行。
三、原发性小阴茎：激素分泌正常的男孩子若存在阴茎不大，且到青春期后仍无明显长大，就要考虑原发性小阴茎。必要时可遵医嘱采用阴茎延长术、阴茎再造术以及阴茎假体放置等方法来改善症状。
四、其他：如卡尔曼综合征、脑发育异常、促性腺激素分泌不足、促性腺激素分泌过多、脑部肿瘤等疾病，都有可能致使阴茎发育异常，均需及时就医并进行对症治疗。
日常要注意多喝水，保持外阴部的清洁干爽，避免食用辛辣、刺激性食物，多吃绿色蔬菜水果，保持饮食均衡。适度进行身体锻炼，增强体质，保证充足的睡眠，提高机体的免疫能力。
总之，男孩子12岁阴茎不大可能由多种原因引起，应重视并及时就医检查和处理，同时注意日常生活各方面的护理。