毛细血管瘤形成的原因目前尚未完全明确，但普遍认为与多种因素相关。一般认为，胚胎发育过程中血管发育异常是重要因素之一。
胚胎发育因素相关
血管形成机制异常： 在胚胎早期，血管形成过程中如果出现异常，就可能导致毛细血管瘤。例如，在胚胎发育的3 - 8周时，血管网的形成出现紊乱，原本应该退化的血管没有正常退化，从而残留形成毛细血管瘤。基因表达异常： 有研究发现，某些基因的表达异常可能参与了毛细血管瘤的形成。比如，与血管生成相关的基因发生突变或表达调控失常，影响了血管的正常生长和发育，使得局部血管异常增殖形成毛细血管瘤。
雌激素相关因素
女性激素影响： 毛细血管瘤在女性中的发生率相对较高，这可能与雌激素有关。雌激素可能会刺激血管内皮细胞的增殖和迁移，从而促进毛细血管瘤的形成。例如，在青春期、孕期等雌激素水平较高的时期，毛细血管瘤的发生或发展可能会更明显。有统计显示，女性患毛细血管瘤的概率比男性相对高一些，这与雌激素水平波动有一定关联。新生儿雌激素水平： 新生儿出生时，体内雌激素水平有一定变化，部分婴儿可能因为自身雌激素调节的问题，导致血管异常增殖形成毛细血管瘤。一些女婴在出生后不久就可能发现面部等部位出现毛细血管瘤，与雌激素在新生儿体内的代谢等情况有关。
其他可能因素
创伤因素： 虽然不是主要原因，但有观点认为，在婴儿出生过程中或出生后早期的轻微创伤，可能会诱发局部血管的异常反应，进而促进毛细血管瘤的形成。不过这种情况相对较少见，但也是需要考虑的一个可能因素。环境因素： 孕妇在孕期的一些环境接触也可能对毛细血管瘤的形成产生影响。比如，孕妇接触某些化学物质、受到辐射等，虽然证据不是非常确凿，但也被列为可能的相关因素之一。不过总体来说，环境因素在毛细血管瘤形成中所占比重相对较小。