毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般局部外用药物较为常用，比如1%新霉素软膏，可起到杀菌消炎的作用，通常每天使用2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种常见的外用抗生素，对多种革兰阳性球菌有较强的抗菌作用。它可以涂抹在毛囊炎患处，能有效抑制细菌生长，减轻炎症。一般来说，每日涂抹2 - 3次即可。不过，对莫匹罗星过敏的人不能使用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。使用时取适量本品涂于患处，每日2 - 3次。但孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，使用酮康唑乳膏会有较好的效果。它能抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。一般每日外用1 - 2次，连续使用2 - 4周。不过，患有湿疹、痤疮等皮肤病的人要慎用。联苯苄唑乳膏： 同样适用于真菌引起的毛囊炎，可通过抑制真菌麦角甾醇的合成来发挥抗真菌功效。用法是每日外用一次，将药物均匀涂抹于患处。使用过程中如果出现局部刺激症状，如灼烧感、红肿等，应停止使用。
中药类外用药
金黄散： 用醋或酒调成糊状后外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用。一般每日敷1 - 2次，能帮助减轻毛囊炎引起的红肿热痛等症状。不过，皮肤破溃处不宜使用。鱼石脂软膏： 具有温和的刺激性，可促使毛囊炎局限、软化，有利于脓液排出。外用时涂抹在患处，每日2次。但对鱼石脂过敏者禁用。需要注意的是，不同类型的毛囊炎用药不同，而且在使用药物前最好先咨询医生，根据具体病情选择合适的药物。同时，保持皮肤清洁卫生对于毛囊炎的恢复也很重要。