近视手术可能存在一些潜在危害，比如感染风险，虽然概率较低，但仍有可能发生，据统计总体感染率大约在0.1%左右。另外，还可能出现干眼问题，有部分人术后会长期存在干眼症状，持续时间可能达数月甚至更久。
术后视力回退问题
度数不稳定者易出现：如果近视患者术前近视度数还在持续增长，比如每年度数增长超过50度，那么术后有较大可能出现视力回退情况。一些研究显示，这类人群术后1年左右视力回退发生率能达到10% - 15%。高度近视人群需谨慎：高度近视者（近视度数大于600度）做近视手术后，视力回退的风险相对更高，可能术后几年内视力就会逐渐下降。
角膜相关并发症
角膜瓣相关问题：全飞秒手术相对来说角膜瓣相关并发症少些，但准分子激光手术可能出现角膜瓣移位情况，尤其是受到外力撞击后更易发生。有临床数据表明，准分子激光手术中角膜瓣移位的发生率约为0.5% - 1%。角膜雾状混浊：少数人术后可能出现角膜雾状混浊，也就是Haze现象，尤其是中高度近视患者术后发生概率稍高，大概在1% - 3%左右，不过通过及时治疗大多能改善，但会影响视力恢复进程。
夜间视觉质量问题
出现眩光和光晕：部分患者术后在夜间会出现眩光和光晕现象，比如夜间开车时，会感觉车灯周围有光晕，影响夜间视力和视觉体验。有调查发现，大约5% - 10%的患者术后会有不同程度的眩光、光晕问题，而且度数越高，出现这类情况的概率相对越大。对比敏感度下降：还有些人术后对比敏感度会下降，在一些光线较暗或者需要分辨细节的场景中，会感觉视物不如术前清晰，比如在傍晚光线不太好的环境下看东西，可能会觉得对比度降低，影响日常生活和工作中的视觉感受。