男性生殖器上长水泡的原因可能有以下几点：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。初次感染HSV后，约90%的人会出现生殖器疱疹，表现为生殖器部位的红斑、丘疹、水疱，可伴有疼痛、瘙痒等症状。生殖器疱疹容易复发，需要长期治疗。治疗方法主要包括抗病毒药物（如阿昔洛韦、伐昔洛韦等）、免疫调节剂（如干扰素等）和对症治疗（如止痛、止痒等）。
2.梅毒：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播。一期梅毒表现为生殖器部位的无痛性溃疡，二期梅毒可出现全身皮疹，生殖器部位也可出现水疱。梅毒需要及时治疗，否则会导致严重的后果。治疗方法主要是使用青霉素等抗生素。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣表现为生殖器部位的菜花状赘生物，表面湿润。尖锐湿疣容易复发，需要多次治疗。治疗方法主要包括物理治疗（如激光、冷冻等）、药物治疗（如咪喹莫特乳膏等）和免疫调节剂（如干扰素等）。
4.其他：男性生殖器上长水泡还可能与过敏、感染、创伤等因素有关。
如果发现男性生殖器上长水泡，应及时就医，明确诊断，并进行相应的治疗。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，避免搔抓患处，以免加重病情。