一般甲减可能会引起多种疾病。比如心血管系统方面，约有1/3的甲减患者会出现血脂异常，总胆固醇可升高10% - 15%左右。
对心血管系统的影响
心脏扩大风险： 长期未得到有效控制的甲减，可能导致心脏扩大，严重时会引发心包积液，甚至出现胸腔积液等情况。部分患者心电图会表现为低电压、T波低平或倒置等改变。动脉粥样硬化： 甲减会使血液中低密度脂蛋白胆固醇（LDL - C）升高，高密度脂蛋白胆固醇（HDL - C）降低，从而增加动脉粥样硬化的发生风险，进而可能引发冠心病等心血管疾病。
对消化系统的影响
胃肠功能紊乱： 甲减患者常出现食欲减退的情况，还可能伴有腹胀、便秘等症状。严重时胃肠蠕动减慢，可能导致麻痹性肠梗阻。部分患者会有胃酸分泌减少的现象，影响食物的消化吸收。肝胆系统变化： 少数甲减患者可能出现肝大的情况，血清转氨酶可能轻度升高，不过一般在甲减得到控制后，这些异常会逐渐恢复。
对神经系统的影响
智力与精神方面： 儿童时期发生甲减如果没有及时治疗，可能会影响智力发育，导致智力低下、学习能力下降等。成人甲减患者可能出现记忆力减退、反应迟钝、嗜睡等症状，严重时还可能出现抑郁、焦虑等精神障碍。周围神经病变： 部分甲减患者会有周围神经病变，表现为手脚麻木、刺痛等感觉异常，腱反射的松弛期会延长。
对生殖系统的影响
女性生殖方面： 女性甲减患者可能出现月经紊乱，如月经量增多、经期延长，严重时可能导致闭经，影响受孕。怀孕的甲减女性如果未控制好病情，可能会增加流产、早产、胎儿生长受限等风险，对胎儿的神经系统发育也可能产生不良影响。男性生殖方面： 男性甲减患者可能出现性欲减退、阳痿等症状，影响生殖功能。