阴茎短小的治疗需根据具体情况而定，一般来说，药物治疗效果有限，目前临床上针对阴茎短小主要的非药物干预方式有手术治疗等。但药物方面，目前并没有被广泛认可的能有效使阴茎增长的口服药物。
手术治疗情况
对于符合手术指征的成年男性，可考虑阴茎延长术等手术方式。手术是通过切断部分牵制阴茎的浅、深悬韧带而将体内隐匿的一段阴茎释放出来达到延长的目的，术后阴茎可延长3~5厘米左右，但手术有一定风险，如感染、出血、勃起功能障碍等并发症可能发生。
激素相关情况
如果阴茎短小是由于雄激素缺乏导致的，可在医生评估下考虑补充雄激素治疗。但这种情况相对较少见，需要先通过检查明确是否存在雄激素水平异常，一般需要检测性激素六项等指标来判断。而且补充雄激素有严格的适应证和禁忌证，必须在医生指导下进行，自行滥用可能会带来不良后果，比如导致内分泌紊乱等。
非手术的辅助情况
一些生活方式的调整对阴茎发育等可能有一定间接影响。比如保持健康的生活方式，保证充足的睡眠，一般建议青少年每天保证7~8小时以上的高质量睡眠，因为生长激素在睡眠中分泌旺盛，对身体发育包括生殖系统发育有重要作用；同时要注意合理饮食，保证营养均衡，摄入足够的蛋白质、维生素、矿物质等，像富含蛋白质的食物有瘦肉、鱼类、蛋类等，富含维生素的食物有各种新鲜蔬菜和水果等，但这只是辅助，不能直接解决阴茎短小问题。