12岁男孩正处发育阶段，此时不可贸然判定其阴茎是否短小。若有担忧，应及时携孩子前往相关医院进行体内性激素水平分泌等检查。孩子阴茎过小，不同情形有不同应对方式，常见情况如下：
一、正常生理现象：针对尚未进入青春期的孩子，阴茎短小属于正常生理现象，这是因为阴茎尚处于发育进程中，未完全发育成熟。在此种情况下，可适度为孩子补充营养，要做到营养均衡，既要进食优质蛋白以及富含钙质的食物，也要食用新鲜的蔬菜和水果，以推动阴茎的发育。
二、包皮过长或包茎：若存在此类情况，也会对阴茎发育造成影响。这时应尽快带孩子到医院检查，倘若确实存在包皮过长或是包茎，就需要尽早开展包皮手术治疗，当完成包皮手术切除后，阴茎不再受限制，会逐渐促进其生长。
三、其他原因：可能存在内分泌、激素紊乱，或者是由于过度肥胖所致，需要进行遗传代谢的筛查，以明确病因，进而有针对性地给予治疗。
总之，对于12岁男孩阴茎小的情况，要根据具体原因采取相应的措施，家长要重视并及时带孩子就医检查和处理。