射精的时候小肚子疼可能与生理因素、精索静脉曲张、前列腺炎等有关。
1.生理因素：性生活时，男性的性器官会处于高度充血状态。如果在射精时，肌肉发生节律性收缩，可能会牵拉、刺激腹部的肌肉和神经，从而引起小肚子疼痛。这通常是一种正常的生理现象，休息后可缓解，一般不需要特殊治疗。
2.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致疼痛不适，疼痛可放射至下腹、腹股沟区或腰部，在性生活时，精索内静脉受到挤压，可能会使疼痛加重。患者可能还会出现阴囊下坠、阴囊潮湿、不育等症状。
3.前列腺炎：前列腺发生炎症时，可能会导致射精疼痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛、排尿困难等症状。
4.其他：精囊炎、附睾炎、输尿管结石等也可能导致射精时小肚子疼。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他不适症状，建议及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。此外，在日常生活中，应注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯，有助于缓解症状。