附睾囊肿是否影响生育和精子质量不能一概而论。一般较小的附睾囊肿通常对生育和精子质量影响不大，但较大的附睾囊肿可能会有一定影响。据临床观察，约有10% - 15%的附睾囊肿患者可能出现精子质量下降等情况，进而影响生育。
囊肿大小与影响程度
较小的附睾囊肿：如果附睾囊肿直径小于1厘米，这种情况下对睾丸的生精功能以及输精管道通常影响较小，对生育的影响相对较低。因为囊肿较小，不会明显压迫睾丸组织和附睾管，精子的生成、运输等过程受到的干扰不大。较大的附睾囊肿：当附睾囊肿直径大于2厘米时，就有可能对睾丸的血液供应和生精环境产生影响。较大的囊肿会压迫周围组织，影响睾丸的正常代谢，进而可能导致精子质量下降，如精子活力降低、畸形率升高等，从而影响生育能力。
囊肿位置与影响差异
附睾头部囊肿：附睾头部的囊肿相对来说对生育和精子质量的影响可能相对小一些。因为附睾头部主要是精子储存的部位之一，若囊肿不是特别大，对精子储存功能的影响相对有限。但如果囊肿持续增大，也可能会波及周围结构。附睾体尾部囊肿：附睾体尾部的囊肿由于靠近输精管道，更容易影响精子的运输。精子需要通过附睾体尾部运输到射精管，如果这里有较大的囊肿，可能会阻碍精子的顺利通过，导致精子排出受阻，进而影响生育，同时也可能引起精子质量的改变。
对生育影响的个体差异
年轻未育男性：对于还没有生育的年轻男性来说，即使是较小的附睾囊肿也需要密切关注。因为随着时间推移，囊肿有可能逐渐增大，从而增加对生育和精子质量的影响风险。所以这类人群需要定期进行超声检查，监测囊肿的变化情况。已育男性：而对于已经生育过的男性，如果出现较大的附睾囊肿，对其再次生育的影响相对可能小一些，但也不能完全掉以轻心，因为仍有可能存在精子质量潜在下降的情况，而且如果囊肿进一步发展，还是可能影响后续的生育功能。