黑指甲盖的成因不同，治疗方式也有差异。如果是外伤导致甲下出血引起的黑指甲盖，若出血面积小，一般无需特殊治疗，通常2~3个月可随指甲生长自行消退。
外伤导致的黑指甲盖处理
轻度外伤： 如果只是轻微碰撞等导致的甲下小范围出血，初期可以在24小时内进行冷敷，减少出血和肿胀，每次冷敷15~20分钟，每天可冷敷3~4次。中度外伤： 若外伤后黑指甲盖伴随疼痛较明显，且甲下淤血范围较大，可在医生评估下，必要时进行穿刺放血等处理，但要注意严格消毒，防止感染。
真菌感染引起的甲真菌病导致的黑指甲盖治疗
外用药物： 对于较轻的甲真菌病，可以使用阿莫罗芬搽剂等外用抗真菌药物。一般每周使用1~2次，需要坚持使用数月，因为指甲生长缓慢，要等新的健康指甲长出才能彻底治愈。口服药物： 病情较重时，可能需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑等，但口服药有一定肝肾功能影响，需要在医生监测下使用，一般采用冲击疗法，即服药一周，停药三周为一个疗程，通常需要2~3个疗程。
某些全身性疾病导致的黑指甲盖治疗
维生素缺乏： 如果是由于缺乏维生素引起的黑指甲盖，需要补充相应维生素。比如缺乏维生素B族，可多吃富含维生素B族的食物，像全麦面包、瘦肉、豆类等，一般坚持补充1~2个月可能会有改善。心脏病等： 若是心脏病等全身性疾病导致的黑指甲盖，需要积极治疗原发疾病。比如先天性心脏病患者，可能需要根据病情采取手术等相应治疗措施，随着心脏病病情的控制，黑指甲盖情况可能会有所缓解，但具体恢复情况因病情而异。