怀孕六周可以通过B超查孕囊。一般情况下，怀孕六周时通过B超可以看到孕囊，孕囊的位置在子宫的宫底、前壁、后壁、侧壁，形状为圆形或椭圆形，且囊壁光滑、完整。通过超声检查还可以看到胎芽和胎心搏动，确定宫内妊娠以及孕周。
需要注意的是，虽然B超检查对胎儿和孕妇是相对安全的，但也并非没有任何风险。在孕早期进行B超检查时，需要控制检查时间，一般不超过5分钟，以减少对胎儿的影响。此外，B超检查也不是万能的，有些情况下可能无法发现孕囊或其他异常，需要结合其他检查方法进行综合判断。
如果怀孕六周时B超检查未发现孕囊，可能是以下原因导致的：
1.受孕时间较晚：受精卵可能还没有着床或着床时间较短，导致孕囊尚未形成或太小而无法检测到。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，此时B超检查也无法看到孕囊。
3.其他因素：如孕妇的腹部脂肪较厚、子宫畸形等，也可能影响B超检查的结果。
如果对怀孕六周时的B超检查结果有疑虑，或出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时咨询医生，医生会根据具体情况进行进一步的检查和诊断，并给予相应的建议和处理。