新生儿乳糖不耐受主要表现为消化系统相关症状。一般来说，新生儿乳糖不耐受时，大便次数较多，每天可能达到数次甚至十几次。
大便性状方面
腹泻： 新生儿乳糖不耐受最常见的表现之一是腹泻，大便多为黄色或青绿色稀糊便，有的还会带有泡沫。例如，有些新生儿的大便看起来像蛋花汤样，这就是乳糖不耐受导致腹泻的典型表现。大便有酸臭味： 由于乳糖不能被充分消化吸收，在肠道被细菌分解发酵，会产生酸臭味，新生儿的大便往往能闻到比较明显的酸臭味。
胃肠道不适方面
腹胀： 新生儿可能会出现腹胀的情况，肚子看起来鼓鼓的。这是因为未消化的乳糖在肠道内发酵产生气体，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。肠痉挛： 有的新生儿会出现肠痉挛，表现为突然哭闹不安，很难安抚。这是因为乳糖不耐受引起肠道功能紊乱，刺激肠道平滑肌收缩，引发肠痉挛。
其他伴随表现
吐奶： 部分新生儿可能会出现吐奶的现象。因为胃肠道功能受到影响，食物消化吸收不畅，可能会导致吐奶情况增多。体重增长缓慢： 如果新生儿长期乳糖不耐受，不能充分摄取营养，可能会出现体重增长缓慢的情况。因为乳糖是新生儿获取能量的重要来源之一，不能正常消化吸收乳糖，就会影响营养的摄入，进而影响体重增长。