治疗扁平疣常用的药膏有维A酸类药膏、水杨酸类药膏等。比如维A酸乳膏，它可以调节表皮细胞的更新，促进角质层脱落，一般需要连续使用数周才能看到效果。
维A酸类药膏
维A酸乳膏： 通过影响表皮细胞的分化来发挥作用，能改善扁平疣的皮损情况。但使用时要注意，它可能会引起局部刺激，如红斑、脱屑等，所以敏感肌肤的人要谨慎使用。而且在使用过程中要避免阳光直射，最好在晚上涂抹。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，对扁平疣也有一定的治疗作用。它的作用机制是调节细胞的增殖和分化，不过使用时也可能出现局部的刺激反应，像烧灼感、红斑等，使用前最好先小面积试用。
水杨酸类药膏
水杨酸软膏： 水杨酸可以松解角质层，帮助去除疣体表面的角质。一般每周使用1 - 2次，使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。如果皮肤有破损或者过敏的情况，不建议使用。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中的水杨酸等成分能起到软化和溶解角质的作用，对于扁平疣有一定的辅助治疗效果。但使用时要注意按照说明书的要求使用，避免大面积使用导致吸收过多引起不良反应。
干扰素凝胶类
重组人干扰素α - 2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能来发挥抗病毒的作用，从而达到治疗扁平疣的目的。使用时可能会出现局部的轻度瘙痒、灼痛等不良反应，一般可以耐受。孕妇和哺乳期妇女使用时要咨询医生，因为目前关于其在这些特殊人群中的安全性还需要进一步评估。