孕40天出现褐色分泌物主要与以下因素相关：
一、先兆流产：怀孕早期孕妇体内孕酮水平低，无法有力支持内膜发育，导致胎膜与子宫壁部分剥离，引起局部血管网出血，进而出现褐色分泌物。对此，需要进行彩超和抽血检查。若发现孕酮低，遵医嘱服用黄体酮胶囊或地屈孕酮片进行保胎效果较好。
二、宫外孕：孕早期若是宫外孕，胚胎在输卵管着床发育后，包块增大使输卵管壁受损、破裂等，会致使女性阴道出现褐色分泌物。宫外孕女性应先安排住院观察，然后通过腹腔镜手术终止妊娠，以防止大出血的发生。
三、妇科炎症感染：孕妇自身患有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病时，随着孕期病情的发展或加重，也可能导致宫颈部位血管网破裂，从而引起阴道少量褐色分泌物。对于患有宫颈炎的女性，可先休息并暂停性生活，必要时遵医嘱口服抗宫炎胶囊改善，也可等怀孕3个月以上时在阴道使用消糜栓治疗；而较大的宫颈息肉可在孕3个月以上安排息肉摘除手术。
总之，孕40天出现褐色分泌物的原因多样，需要根据具体情况进行针对性的诊断和治疗，以保障孕妇和胎儿的健康。