12岁女孩身高矮小，可能与以下因素有关：
遗传因素：身高与遗传有一定关系，如果父母身高不高，孩子身高也可能受到影响。
营养因素：营养不均衡、缺乏某些营养素，如钙、维生素D等，可能影响身高发育。
运动因素：适量的运动可以刺激生长激素的分泌，促进骨骼发育。
睡眠因素：良好的睡眠有助于生长激素的分泌，保证充足的睡眠时间和质量。
疾病因素：某些疾病可能影响身高发育，如甲状腺功能减退症、生长激素缺乏症等。
针对女孩身高矮小的问题，可以采取以下措施：
合理饮食：保证营养均衡，多摄入富含蛋白质、钙、维生素D等营养素的食物，如鱼、虾、奶制品、豆制品、蔬菜、水果等。
适量运动：选择适合女孩的运动，如跳绳、游泳、篮球等，可以刺激骨骼发育。
保证睡眠：养成良好的睡眠习惯，保证充足的睡眠时间和质量。
定期体检：定期带女孩进行体检，及时发现问题并采取相应的措施。
就医检查：如果女孩身高明显低于同龄人，或存在其他异常情况，应及时就医，进行相关检查，如生长激素测定、甲状腺功能检查等，以排除疾病因素。
需要注意的是，每个女孩的生长发育情况都不同，如果对女孩的身高问题有疑虑，建议及时咨询医生或专业的营养师，以便获得更具体的建议和指导。同时，家长也应该关注女孩的心理健康，避免因为身高问题给孩子带来过大的压力。