男性感染HPV后，症状表现多样。部分男性感染低危型HPV可能会出现生殖器部位的疣状病变，比如在阴茎、阴囊、肛周等部位出现单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增多增大，形成菜花状、乳头状等外观的疣体，有的疣体可能会在几个月内自然消退，但也有持续存在的情况。
低危型HPV感染症状
生殖器疣表现： 低危型HPV如6型、11型等感染时，男性可能在生殖器部位出现典型的疣状损害。初期是微小的淡红色丘疹，质地柔软，顶端稍尖，随着病情发展，丘疹会逐渐增大增多，形态多样，有的呈鸡冠状、菜花状等。一般没有明显的疼痛或瘙痒症状，但如果疣体受到摩擦等刺激，可能会出现破溃、出血、感染等情况。症状出现时间： 感染低危型HPV后，生殖器疣的症状通常在感染后数周~数月内出现，平均潜伏期大概是3个月左右。
高危型HPV感染早期症状
无明显特异症状： 高危型HPV感染，比如16型、18型等，在感染早期往往没有明显的自觉症状，很多人是在体检或者因其他疾病检查时发现感染情况。这是因为高危型HPV持续感染可能会引发宫颈、阴茎等部位的病变，但早期身体不会有很典型的不适表现。不过，部分男性可能会出现生殖器部位的轻微瘙痒、红肿等非特异性症状，但这些症状很容易被忽视。持续感染风险： 高危型HPV持续感染是导致阴茎癌、肛门癌等恶性肿瘤的重要诱因，但从感染高危型HPV到发展为恶性肿瘤通常需要较长时间，一般是数年甚至数十年。
HPV感染后的自身清除情况
大部分可自行清除： 对于大多数男性来说，免疫系统能够在感染HPV后的一段时间内将病毒清除。研究表明，约80%的男性HPV感染在8~10个月内会被自身免疫系统清除，只有少数会持续感染。免疫力影响清除： 自身免疫力状况对HPV的清除起着关键作用。免疫力较强的男性，如经常锻炼、作息规律、营养状况良好的人，更容易清除HPV病毒；而免疫力低下的男性，比如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况的人，HPV持续感染的概率会增加。