肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动过量是常见原因之一，比如长时间不运动后突然进行大量运动，像连续爬楼梯20分钟以上，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，引发酸痛，这种情况在运动后的1 - 2天内较为明显。
运动相关因素
运动强度过大： 当进行高强度的无氧运动时，肌肉在短时间内缺氧，会进行无氧呼吸产生乳酸，从而引起肌肉酸痛。例如进行100米短跑这样的高强度爆发运动后，很多人会出现腿部肌肉酸痛。运动姿势不当： 不正确的运动姿势会使某些肌肉过度紧张或受力不均，也容易导致酸痛。比如俯卧撑时手部支撑位置不合适，会让肩部肌肉受力异常，引发酸痛。
疾病因素
感染性疾病： 像流感等病毒感染性疾病，会使身体产生炎症反应，同时病毒产生的毒素等物质可能影响肌肉代谢，导致全身肌肉酸痛，一般还会伴随发热、乏力等症状。风湿性疾病： 类风湿关节炎等风湿性疾病会累及肌肉，引起肌肉酸痛，通常还伴有关节肿胀、疼痛、僵硬等表现，且症状可能在早晨起床时较为明显，活动后有所缓解但随后又可能加重。
药物副作用
某些降脂药： 部分他汀类降脂药可能会引起肌肉酸痛的副作用。有研究发现，约有1% - 2%服用他汀类药物的人会出现不同程度的肌肉酸痛症状，表现为肌肉疼痛、无力等。降压药： 个别降压药也可能导致肌肉酸痛，比如可乐定等药物，不过相对来说发生概率较低，但也需要关注用药后的身体反应。